Hlavnou úlohou kontrolnej komisie je dohliadať na správnosť chodu organizácie, na správu majektu organizácie a na spôsob nakladania s ním. Kontrolná komisia spravidla vždy na členskej schôdzi prednáša Správu kontrolnej komisie a hodnotí predchádzajúci rok. Kontrolná komisia dohliada na hospodárenie organizácie a v prípade potreby nahliada do účtovných dokladov, do záznamov o vydaných povoleniach na rybolov atď.
Taktiež sa zúčastňuje zarybňovania revírov, kde kontroluje jednak nakládku nakupovaných rýb a taktiež aj ich správne a vopred určené nasádzanie do jednotlivých revírov.
Kontrolná komisia pre obdobie rokov 2018-2021 pôsobí v nasledujúcom zložení:
Predseda:
- Pavol Dzurka
Členovia:
- Valstimil Strečanský
- Roman Joštic